Родился Владимир Фаготов 17 июля 1921 года в селе Низово (ныне Волховский район Ленинградской области). Окончил десять классов школы. В 1939 году был призван в ряды Красной Армии. В 1941 году окончил Ленинградское артиллерийское училище и был направлен на фронт.

    Воевал в должности командира взвода, затем командира батареи, начальника штаба дивизиона, начальника штаба полка, командира дивизиона 94-го гвардейского Новгород-Северского Краснознамённого орденов Александра Невского, Суворова III степени, Кутузова III степени и Богдана Хмельницкого II степени миномётного полка. На его вооружении состояли реактивные системы БМ-13 («Катюши»). В составе войск Сталинградского, Донского, Центрального и 1-го Белорусского фронтов полк участвовал в Сталинградской и Курской битвах, Черниговско-Припятской, Люблин-Брестской, Висло-Одерской и Берлинской наступательных операциях.

    Отличился Владимир Иванович Фаготов во время Висло-Одерской наступательной операции. 14 января 1945 года при прорыве немецкой обороны на Магнушевском плацдарме дивизион под командованием Фаготова своими залпами обеспечил продвижение пехоты. 15 января при поддержке огня дивизиона пехота форсировала реку Пилица и перешла в стремительное преследование противника. 18 января дивизион был введён в состав армейской подвижной группы рейда. Под командованием Фаготова с 19 по 31 января дивизион совершил 600-километровый марш в тылу противника, поддерживая огнём наши наступающие войска. 31 января Фаготов обеспечил форсирование реки Одер, захват плацдарма на левом берегу и удержание его в тяжёлых боях с превосходящими силами противника в течение двух суток до подхода главных сил.

    Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24 марта 1945 года за образцовое командование дивизионом и проявленные при этом личное мужество и героизм гвардии майор Владимир Фаготов был удостоен звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».

    После окончания войны продолжил службу в армии. В 1953 году окончил факультет реактивного вооружения Артиллерийской академии им. Ф. Э. Дзержинского. После окончания Академии проходил службу офицером строевой части штаба, старшим офицером отдела боевой подготовки частей и учебных заведений штаба Управления заместителя командующего артиллерией, старшим офицером штаба реактивных частей. С 1960 – начальник отдела Управления боевой подготовки Ракетных войск.

    В 1979 году в звании генерал-майор Фаготов уволен в запас. Проживал в Москве. Умер 19 июня 1996 года, похоронен на Кунцевском кладбище Москвы.

    Имя Фаготова Владимира Ивановича высечено на стелах в Зале Славы Центрального музея Великой Отечественной войны на Поклонной горе в Москве и на Аллее героев в парке Победы города Абакана.

    На здании МОУ «Волховская средняя общеобразовательная школа № 5» (г. Волхов) установлена мемориальная доска, посвященная Герою Советского Союза В. И. Фаготову.