Родился 24 марта 1912 г. в селе Подлесная Тавла Кочкуровской волости Саранского уезда Пензенской губернии, ныне Кочкуровского района Республики Мордовия, в семье крестьянина. В 1920 году семья Федотовых переселилась на Алтай, с 1930 года Степан Семёнович работал трактористом в местной сельскохозяйственной коммуне. В 1936 году он переехал в Усть-Абаканский район Хакасской автономной области и продолжил работать механизатором в колхозе имени Калинина, а с 1937 года – председателем этого колхоза до призыва на военную службу в Красную Армию в сентябре 1939 года.

    Участник советско-финской войны, участник Великой Отечественной войны, командир стрелковой роты 156-го гвардейского стрелкового полка 51-й гвардейской стрелковой дивизии 6-й армии.

    В 1946 году С. С. Федотов вернулся в Усть-Абакан и работал заведующим районным земельным отделом (райзо), внёс большой вклад в налаживание работы многочисленных разрозненных колхозов и совхозов района, упорядочение севооборотов, обзаведение сортовыми семенами и необходимой сельскохозяйственной техникой.

    Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10 апреля 1948 года за получение высоких урожаев пшеницы, ржи и льна-долгунца в 1947 году Федотову Степану Семёновичу, обеспечившему своей работой перевыполнение в целом по району планового сбора урожая пшеницы на 30,3 процента, присвоено звание Героя Социалистического Труда с вручением ордена Ленина и золотой медали «Серп и Молот».

    В 1951 году С. С. Федотов возглавил отстающий колхоз имени Ленина, созданный из нескольких мелких хозяйств. Колхоз под его председательством вскоре стал экономически устойчивым и вышел в число передовых в Усть-Абаканском районе, принимал участие в Выставке достижений народного хозяйства (ВДНХ) СССР. По итогам работы в 7-й семилетке (1959–1965 гг.) председатель колхоза был награждён орденом «Знак Почёта». В 1967 года по состоянию здоровья перешёл на работу завхозом рабкоопа.

    Скончался 26 августа 1976 года.